江戸時代以来の慣行水利権を許可水利権に切り替えさせ、旧建設省は稲作用であれば、田植や代かきどき、あるいは成長期の保水など、必要な水量に絞りこんで許可を出してきた経緯があります。
ために非灌漑期、すなわちお米に水が不要な冬期はゼロか極めて少い取水しか認められない、水利権になっています。すなわち発電機を設置する場合、その能力をどこに合わすべきか、という問題です。
ということは、流れていても全ての水を使えない事情もあるということですね。
新規に発電用水利権をとるか、発電機に時期によって大小の差があっても応えられるようなタイプがてきるかどうか、検討、開発課題があるということです。